KSS var stofnað 22. janúar árið 1946 af hópi fólks sem áður hafði verið í Kristilegu félagi Gagnfræðaskólans í Reykjavík.
Þetta fólk vildi halda áfram í slíku félagi eftir skólagönguna þar og að það væri opið öllum á þessum aldri. Með því að hittast og eiga hollan og góðan félagsskap um leið og það gat rætt um trú sína og þroskast á göngunni með Guði.
Jónas Gíslason var fyrsti formaður félagsins. KSS hefur staðist tímans tönn og er uppistaðan í hópnum nú um 60 unglingar sem sjást á nánast hverjum einasta fundi. Félagið var einna fjölmennast á árunum 1970-1980.
Árið 1978 stofnaði KSS ásamt KSF (Kristilegu stúdentafélagi) Kristilegu skólahreyfinguna (KSH). Hún hefur starfsmann í 50% starfshlutfalli sem er stjórnum félaganna innan handar og til stuðnings félagsfólki. KSH er aðili að alþjóðahreyfingu evangelískra stúdenta (IFES) og tengist þannig svipuðu starfi meðal framhaldsskólanema og stúdenta úti um allan heim.